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胃癌微生物群与代谢产物的相互作用(国人优秀作品)

2023-02-27 12:16:09

n指数用以评估一对一病变和非病变有第一组织的有机物自然环境。顺利进行了Wilcoxon一对一符号秩筛选。C 平均数UniFrac相距的主坐标比对(PCoA)比如说非病变和病变有第一组织辨识显露两个各不相同的聚类。D 韦恩三幅解释了一对一的GC病变有第一组织和非病变有第一组织中间的共有OTU。E 通过给定判别比对(LDA)波动大小(LEfSe)(LDA> 3.5,Q

2 GC病变和非病变有第一组织中间人体内第一组谱的歧异

由于GC患儿的非病变有第一组织和病变有第一组织的食道有机物为数众多的自然环境和第一组成各不相同,我们举同上人体内第一组学除此以外的变化有可能均受GC患儿食道有机物为数众多的不良影响。因此,主要用途UHPLC-MS/MS对有第一组织比对(37对GC有第一组织比对)顺利进行非凋亡人体内第一组学比对,并在阳性和阴性模式下对1198种一氧化氮顺利进行了定量。PLS-DA评分三幅辨识病变和非病变有第一组织分别为两个各不相同的聚类(R2Y = 0.89 和Q2Y = 0.78)(三幅2A)。对PLS-DA三维的筛选比如说R2系数成比同上Q2系数,Q2回归线有一个负截距(R2 = [0.0,0.56], Q2 = [0.0,-0.44]),解释本研究者的PLS-DA三维是理论上的(三幅2B)。我们掩蔽到150种一氧化氮在非病变有第一组织和病变有第一组织中间有着很大歧异的相远比较数量级(投影以在此之前的变量比如说性 (VIP)> 1和Q系数 < 0.05 和FC ≥ 2 或 FC ≤ 0.5)(表格S2),其以在此之前包括21个细胞内、12种油脂和油脂结合物、24种油脂酰基、29种苯甲酸甘油、5种吲哚和衍生命体、7种赖硫酸酸、4种赖硫酸酸酸、5种类固酰胺和衍生命体、3种苯类和2种苯甲酸脂(三幅3)。这些一氧化氮在细胞内、油脂和油脂结合物、苯甲酸甘油和赖硫酸酸类以在此之前的相远比较数量级在病变有第一组织以在此之前小于非病变有第一组织(三幅3)。至于油脂酰基类的一氧化氮,与非病变有第一组织远比,病变有第一组织以在此之前羟基羧酸和在此之前列腺素的羧酸酯的相远比较数量级减小。与非病变有第一组织远比,这类人体内副产品以在此之前的大多数在病变有第一组织以在此之前相远比较数量级上升。

三幅2 食道癌有第一组织的人体内第一组谱与也就是说的非病变有第一组织的人体内第一组谱各不相同。A PLS-DA 辨识病变有第一组织和非病变有第一组织被分成两个各不相同的聚类。B PLS-DA三维的筛选比如说本研究者的PLS-DA三维是理论上的。PLS-DA,偏成比同上二乘判别比对。QC,质量控制。QC探头在在所有探头以在此之前提取而才会的一氧化氮混合得不到的,用以评价电子设备的自为定性。

三幅3 热三幅辨识一对一的食道癌有第一组织和非病变有第一组织中间的歧异一氧化氮。热三幅辨识了109种歧异一氧化氮(VIP> 1和Q系数

3 解剖病变与非病变有第一组织的一氧化氮生命体多种类型

为了解剖用以界定病变和非病变有第一组织的一氧化氮生命体多种类型,我们根据VIP系数选择了在此之前15种一氧化氮(三幅4A)。在15种一氧化氮以在此之前,8种一氧化氮在病变有第一组织以在此之前的相远比较数量级小于非病变有第一组织(三幅4B)。年中,我们顺利进行了受测者兼职曲面(ROC) 比对,以评估8种一氧化氮在界定病变和非病变有第一组织层面的病人精确度。剔除了曲面下总长度(AUC)

三幅4 用以界定食道病变有第一组织与非病变有第一组织的一氧化氮生命体多种类型的解剖。A 根据 VIP 系数辨识在此之前15种一氧化氮。VIP,投影以在此之前的可变比如说性。B 在15种一氧化氮以在此之前,8种一氧化氮的相远比较数量级很较低,其余一氧化氮在病变有第一组织以在此之前的相远比较数量级小于非病变有第一组织。Q系数,修改P系数。C ROC比对1-羟基依赖型、N-羟基-D-硫酸基羧酸-6-硫酸以及这两种一氧化氮的第一第一组。ROC,受测者可用曲面。

4 验证用以界定病变与非病变有第一组织的一氧化氮生命体多种类型

为了验证1-羟基依赖型和N-羟-D-硫酸基羧酸-6-硫酸的第一第一组作为界定GC病变和非病变有第一组织的生命体多种类型,我们招募了20名额外的GC患儿(链表格2)顺利进行凋亡人体内第一组学比对(表格1)。如三幅5A、B下图,GC病变有第一组织以在此之前1-羟基依赖型和N-羟-D-葡糖胺-6-硫酸的pH之外很大小于非病变有第一组织(P < 0.001)。1-羟基依赖型和N-羟基-D-硫酸基羧酸-6-硫酸的AUC分别为0.908(95% CI:0.794-1.000)和0.835(95% CI:0.704-0.966)(三幅5C,D)。两种一氧化氮第一第一组的AUC为0.945(95% CI:0.870–1.000)(三幅5E)。这些结果比如说,1-羟基依赖型和N-羟-D-硫酸基羧酸-6-硫酸的第一第一组可以作为界定GC病变和非病变有第一组织的有力生命体多种类型。

三幅5 用以界定食道病变和非病变有第一组织的一氧化氮生命体多种类型的验证。A 远比较了20名食道癌(GC)患儿的病变有第一组织和也就是说的非病变有第一组织中间的1-羟基依赖型pH。B 20对GC病变和非病变有第一组织中间N-羟基-D-葡糖胺-6-硫酸的pH远比较。1-羟基依赖型 (C)、N-羟基-D-葡糖胺-6-硫酸(D)和两种一氧化氮的第一第一组(E)的C-E ROC比对。ROC,受测者可用曲面。

4 歧异一氧化氮的KEGG硫化物比对

为了考虑到与非病变和病变有第一组织以在此之前歧异一氧化氮之外的主要人体内除此以外和路径除此以外,我们顺利进行了KEGG硫化物比对。三幅6A辨识了150个各不相同的人体内副产品,通过多种除此以外特有种,包括色硫酸酸人体内、细胞内生命体催化、羧酸生命体催化、胆汁分泌和半乳糖人体内等。此外,丝氨酸、半胱硫酸酸和蛋硫酸酸人体内、硫酸基糖和赖硫酸酸酸糖人体内以及甲状腺激素催化除此以外很大丰富多彩。丝氨酸、半胱硫酸酸和甘硫酸酸人体内(5种歧异人体内除此以外)、细胞内生命体催化(7种歧异人体内除此以外)和胆汁分泌(6种歧异人体内除此以外)的歧异人体内副产品含量之外小于其他人体内除此以外。

三幅6 一氧化氮的除此以外比对以及有机物为数众多和一氧化氮的总合比对。A 主要用途KEGG数据资料库研究者了这些一氧化氮和人体内除此以外的功能,并通过颗粒三幅辨识了硫化物的除此以外。B 主要用途Spearman之外法则比对了主要硫化物除此以外以在此之前11个解剖旧称和25个歧异一氧化氮中间的关系。蓝色,恰巧之外;蓝色,严重威胁。*P系数

5 各不相同除此以外以在此之前解剖旧称与一氧化氮的关系

利用Spearman之外比对评估了主要硫化物除此以外以在此之前11个解剖旧称与25个歧异一氧化氮中间的关系,歧异一氧化氮不仅与螺芽孢旧称Helicobacter之外,还与其他旧称之外(三幅6B)。螺芽孢Helicobacter在非病变有第一组织以在此之前硫化物,与硫酸基糖和赖硫酸酸酸糖人体内除此以外以在此之前的歧异一氧化氮;丝氨酸、半胱硫酸酸和蛋硫酸酸人体内;和羧酸的生命体催化红褐色很大严重威胁。这比如说螺芽孢Helicobacter在这些一氧化氮的降解以在此之前起效用。硫酸基糖和赖硫酸酸酸糖人体内除此以外以在此之前的所有歧异一氧化氮与乳酸芽孢Lactobacillus、免疫球蛋白Streptococcus、德斯米尔涅氏菌Prevotella、不变芽孢Acinetobacter、丛毛单胞菌Comamonas、自为芽孢Empedobacter和排泄物芽孢Faecalibacterium红褐色很大恰巧之外。乳酸芽孢Lactobacillus和免疫球蛋白Streptococcus之外与丝氨酸、半胱硫酸酸和蛋硫酸酸人体内除此以外以在此之前5种歧异一氧化氮以在此之前的4种红褐色很大恰巧之外。羧酸生命体催化除此以外以在此之前的所有歧异一氧化氮之外与排泄物芽孢Faecalibacterium红褐色很大恰巧之外。该除此以外以在此之前四分之三的歧异一氧化氮与乳酸芽孢Lactobacillus和布氏芽孢Bacteroides红褐色很大恰巧之外。这些结果比如说,乳酸芽孢Lactobacillus、免疫球蛋白Streptococcus、德斯米尔涅氏菌Prevotella、不变芽孢Acinetobacter、丛毛单胞菌Comamonas、自为芽孢Empedobacter和排泄物芽孢Faecalibacterium和布氏芽孢Bacteroides对各自除此以外以在此之前歧异一氧化氮的催化有很大重大贡献。乳酸芽孢Lactobacillus与胆汁分泌除此以外、细胞内生命体催化除此以外和色硫酸酸人体内除此以外以在此之前的所有歧异一氧化氮很大之外。在这些除此以外以在此之前,螺芽孢Helicobacter与几种解剖一氧化氮也表格现显露很大之外性。

6 各不相同一般来说解剖旧称与人体内副产品的关系

我们比对了各不相同旧称和各不相同类人体内副产品中间的关系。如三幅7A下图,螺芽孢Helicobacter与16种油脂酰基很大之外,而乳酸芽孢Lactobacillus与21种油脂酰基很大之外,比如说该一般来说以在此之前的一氧化氮受螺芽孢Helicobacter和乳酸芽孢Lactobacillus的强烈不良影响。螺芽孢Helicobacter与细胞内、油脂、赖硫酸酸、赖硫酸酸酸和苯甲酸甘油类以在此之前的大多数歧异一氧化氮红褐色严重威胁;然而,乳酸芽孢Lactobacillus与这些一般来说以在此之前的大多数歧异一氧化氮红褐色恰巧之外(三幅7B-D)。这些结果比如说,螺芽孢Helicobacter和乳酸芽孢Lactobacillu有可能分别有助于这些一般来说一氧化氮的降解和催化。布氏芽孢Bacteroides与18种油脂酰基和19种苯甲酸甘油辨识显露很大关系,而排泄物芽孢Faecalibacterium与21种油脂酰基和22种苯甲酸甘油辨识显露很大之外性(三幅7A、B)。这些结果比如说布氏芽孢Bacteroides和排泄物芽孢Bacteroides有可能在油脂酰基和苯甲酸甘油的催化或降解以在此之前起极为重要效用。丛毛单胞菌Comamonas与14个细胞内很大恰巧之外,比如说丛毛单胞菌Comamonas对细胞内催化的极为重要重大贡献(三幅7C)。不变芽孢Acinetobacter、丛毛单胞菌Comamonas、排泄物芽孢Faecalibacterium、鞘硫酸酰胺单胞菌Sphingomonas和免疫球蛋白Streptococcus分别与7、7、7、5和6种油脂红褐色很大恰巧之外,比如说不变芽孢Acinetobacter、丛毛单胞菌Comamonas、排泄物芽孢Faecalibacterium、鞘硫酸酰胺单胞菌Sphingomonas和免疫球蛋白Streptococcus有可能参与油脂的催化(三幅7D)。之外性比对还比如说,丛毛单胞菌Comamonas和免疫球蛋白Streptococcus有可能在赖硫酸酸和赖硫酸酸酸的催化以在此之前发挥效用(三幅7D)。

三幅7 各不相同类旧称和一氧化氮之外性比对。A-D 油脂酰基(n = 24)(A)、苯甲酸甘油(n = 29)(B)、细胞内(n = 21)(C)类以在此之前11个歧异旧称与解剖一氧化氮的之外性比对、油脂(n = 12)、赖硫酸酸(n = 7)和赖硫酸酸酸(n = 4)(D)。蓝色,恰巧之外;蓝色,严重威胁。*P系数

7 与外科形态之外的有机物为数众多和一氧化氮

有机物第一组和非凋亡人体内第一组比对链表格1纳入16同上后期(I-II期)食道癌患儿和21同上早期(III期)食道癌患儿(表格1)。热三幅辨识大均油脂从非病变有第一组织慢慢地上升到后期和早期病变有第一组织(三幅8)。特别是,N-羟-D-硫酸基羧酸-6-硫酸的pH从非病变有第一组织到后期和早期病变有第一组织慢慢地上升时,歧异很大(Q 0.05)。然而,在螺芽孢Helicobacter、乳酸芽孢Lactobacillu和免疫球蛋白Streptococcus以在此之前未掩蔽到这种趋势(三幅S2 A-C)。如三幅S3和S4辨识,出血与有机物为数众多中间以及出血与一氧化氮中间未之外性。

三幅8 热三幅辨识一氧化氮与病变分期中间的关系。辨识了非病变有第一组织(n = 37)、后期(I-II期,n = 16)和早期食道病变有第一组织(III期,n = 21)一氧化氮的歧异。热三幅辨识了109种一氧化氮的分之一相远比较数量级(Lg)。

谈论

本研究者辨认显露病变有第一组织以在此之前食道有机物为数众多的自然环境和丰富多彩度小于非病变有第一组织,这与以在此之前的研究者结果恰当。然而,Liu等人掩蔽到,与来自276名GC患儿的非病变有第一组织远比,病变周围和病变有第一组织的自然环境和丰富多彩度减小。有机物自然环境与食道黏膜有第一组织的关系并未促成共识。与非病变有第一组织远比,GC病变有第一组织以在此之前螺芽孢Helicobacter的相远比较数量级减小,这与以在此之前两项研究者的结果恰当。螺芽孢Helicobacter的减小有可能是由于比如说的腺有第一组织的剥夺和酸分泌的减小。

本研究者以在此之前乳酸芽孢Lactobacillu数量级在食道癌有第一组织以在此之前中排螺芽孢Helicobacter数量级前十名第二,与以在此之前的研究者结果有所各不相同。然而,一些研究者辨认显露,与卫生对照第一组远比,GC患儿以在此之前螺芽孢Helicobacter的分之一更较低。Liu等人还辨认显露,与非病变有第一组织远比,GC病变有第一组织以在此之前的乳酸芽孢Lactobacillu含量更较低。Sonveaux等人报道,乳酸芽孢Lactobacillu有可能消除一氧化氮,可主要用途病变繁殖和静脉聚合的能量来源。当初的研究者还比如说,与非病变有第一组织远比,GC病变有第一组织以在此之前免疫球蛋白Streptococcus的数量级上升。而与非病变有第一组织远比,白血病患儿的病变有第一组织以在此之前免疫球蛋白Streptococcus的数量级上升时。免疫球蛋白Streptococcus与白血病患儿的ERK和PI3K路径除此以外的调升之外,气道上皮细胞在体外暴露于免疫球蛋白引致这些相同的路径除此以外调升。我们辨认显露布氏芽孢Bacteroides在病变有第一组织以在此之前的数量级小于非病变有第一组织。仅所含乳酸芽孢Lactobacillu、布氏芽孢Bacteroides和梭状芽孢芽孢Clostridium的一般而言食道有机物区系促进GC的生殖,其振幅与胰岛素-食道泌素新品种小鼠的复杂有机物区系类似于。

我们的有机物第一组研究者与以在此之前的两项研究者有一些类似于之处,但也与两项研究者略有各不相同。Shao等人的研究者,利用食道贲门有第一组织顺利进行有机物第一组比对,而Liu等人的研究者,主要用途胫骨食道、食道体/食道上方和食道窦有第一组织顺利进行研究者。我们的研究者还主要用途了胫骨食道、食道体/食道上方和食道窦有第一组织。我们的研究者与Liu等人研究者中间的歧异主要在于Liu等人的研究者比对主要来自食道体/食道上方和食道窦,而我们研究者的比对主要来自胫骨食道和食道窦。因此,3项研究者中间的歧异有可能源于各不相同病变定位的比对。

我们对GC病变有第一组织和也就是说的非病变有第一组织的人体内第一组比对洞察了150种各不相同的一氧化氮,包括细胞内、油脂和油脂结合物、油脂酰基、苯甲酸甘油、赖硫酸酸和赖硫酸酸酸。与以在此之前的研究者恰当,细胞内类以在此之前的大多数有区别的一氧化氮在病变有第一组织以在此之前的相远比较数量级小于非病变有第一组织。由于病变细胞利用细胞内来消除能量并催化细胞内和赖硫酸酸,因此上升细胞内pH对病变细胞增殖至关极为重要。我们还掩蔽到,与非病变有第一组织远比,病变有第一组织以在此之前油脂和油脂结合物的相远比较数量级上升。羧酸摄取上升时是病变细胞的人体内形态,油脂和油脂结合物可主要用途病变细胞的羧酸来源。因此,上升油脂和油脂结合物对于备有足够的羧酸以满足病变细胞繁殖的能量期望有可能是至关极为重要的。在本研究者以在此之前辨认显露GC病变有第一组织以在此之前赖硫酸酸低水平上升时,这与以在此之前的研究者恰当。Kaji等人报道,与未皮下发作的GC患儿远比,有皮下发作的GC患儿的赖硫酸酸pH上升。赖硫酸酸(尤其是磷酸)低水平的提较低有可能引致GC患儿的生存期更长。磷酸是一种关键的人体内和免疫检查点调节突变,参与病变从宿主免疫系统的逃逸。许多凋亡磷酸人体内的疗法恰巧在顺利进行以在此之前。一项研究者辨认显露,6种苯甲酸甘油与在此之前列腺癌的风险红褐色恰巧之外。有趣的是,我们掩蔽到25种苯甲酸甘油在GC病变有第一组织以在此之前低水平上升时,这有可能在GC转变以在此之前起极为重要效用。

KEGG硫化物比对比如说,丝氨酸、半胱硫酸酸和甘硫酸酸人体内除此以外以在此之前所含5种一氧化氮(丝氨酸、S-磷酸较低半胱硫酸酸、S-磷酸甘硫酸酸、L-胱硫醚和S-羟基-5’-硫磷酸),其以在此之前相远比较数量级很大上升。Kaji等人报道,丝氨酸在GC病变有第一组织以在此之前的低水平小于非病变有第一组织。与非病变有第一组织远比,嫌色肾细胞癌患儿的病变有第一组织以在此之前的丝氨酸低水平也有所上升。丝氨酸和半胱硫酸酸是极为极为重要的功能性剂,S-磷酸较低半胱硫酸酸、S-磷酸甘硫酸酸、L-胱硫醚和S-羟基-5’-硫磷酸可以作为丝氨酸和半胱硫酸酸的在此之前体。因此,该除此以外以在此之前一氧化氮低水平的上升可以为GC病变有第一组织备有强大的功能性技能。在该除此以外以在此之前,螺芽孢Helicobacter与解剖一氧化氮红褐色严重威胁,而乳酸芽孢Lactobacillu和免疫球蛋白Streptococcus与这些一氧化氮红褐色恰巧之外,比如说螺芽孢Helicobacter、乳酸芽孢Lactobacillu和免疫球蛋白Streptococcus协力引致了该除此以外以在此之前歧异一氧化氮的相远比较数量级上升。我们的数据资料还比如说,羧酸生命体催化除此以外以在此之前的解剖一氧化氮的低水平被螺芽孢Helicobacter、排泄物芽孢Faecalibacterium、乳酸芽孢Lactobacillu和布氏芽孢布氏芽孢Bacteroides的自愿性活性调升。恰当地,我们辨认显露螺芽孢Helicobacter、乳酸芽孢Lactobacillu、排泄物芽孢Faecalibacterium和布氏芽孢Bacteroides有可能协力引致油脂酰基和苯甲酸甘油类一氧化氮相远比较数量级的引发变化。硫酸基糖和赖硫酸酸酸糖人体内除此以外以在此之前歧异一氧化氮的相远比较数量级上升时有可能是由于螺芽孢Helicobacter、乳酸芽孢Lactobacillu、免疫球蛋白Streptococcus、德斯米尔涅氏菌Prevotella、不变芽孢Acinetobacter、丛毛单胞菌Comamonas、自为芽孢Empedobacter和排泄物芽孢Faecalibacterium的协力不良影响,这与掩蔽到的螺芽孢Helicobacter、乳酸芽孢Lactobacillu、不变芽孢Acinetobacter、丛毛单胞菌Comamonas、排泄物芽孢Faecalibacterium、鞘硫酸酰胺单胞菌Sphingomonas和免疫球蛋白Streptococcus有可能协力负责油脂的催化的结果恰当。螺芽孢Helicobacter和乳酸芽孢Lactobacillu分别与细胞内、油脂、赖硫酸酸、赖硫酸酸酸和苯甲酸甘油类以在此之前的大多数歧异一氧化氮红褐色严重威胁和恰巧之外,比如说螺芽孢Helicobacter和乳酸芽孢Lactobacillu有可能分别参与了这两类以在此之前大多数歧异一氧化氮的降解和催化。这些结果比如说GC有第一组织的人体内第一组谱受螺芽孢Helicobacter、乳酸芽孢Lactobacillu等有机物的不良影响较大,有可能促进GC的转变。

我们的研究者有几项局限。首先,比对量极为小,引致外科形态与有机物第一组、外科形态与人体内第一组中间缺乏很大之外性。其次,我们未顺利进行纵向研究者,因为我们难以从招募的患儿那里赢取连续的有第一组织比对。第三,我们利用常因过布氏合的 PLS-DA来表格征GC病变和非病变有第一组织中间的歧异一氧化氮。因此,能够适当的三维验证,我们证明了三维不是极度布氏合的。第四,饮茶才会严重不良影响食道有机物为数众多和一氧化氮,但我们难以赢取患儿的饮茶信息来比对饮茶对食道有机物为数众多和一氧化氮的不良影响。

举同上

总之,我们首次对GC患儿的病变有第一组织和也就是说的非病变有第一组织的有机物第一组和人体内第一组顺利进行了比对。病变有第一组织和非病变有第一组织的食道有机物为数众多的自然环境和第一组成存在很大歧异。非病变有第一组织以在此之前富含螺芽孢Helicobacter,而病变有第一组织以在此之前富含乳酸芽孢Lactobacillu、免疫球蛋白Streptococcus、不变芽孢Acinetobacter、德斯米尔涅氏菌Prevotella和其他6个旧称。GC病变有第一组织以在此之前的人体内第一组谱与也就是说的非病变有第一组织以在此之前的人体内第一组谱很大各不相同,均原因有可能与螺芽孢Helicobacter、乳酸芽孢Lactobacillu和其他细菌的总合效用有关。食道有机物第一组和人体内第一组谱的歧异就此才会不良影响GC的引发和十分困难。这些有机物为数众多和一氧化氮的功能系数得进一步研究者,因为它们有可能洞察或强化GC治疗。

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